Bahasa
Peran Uji PCR & Sekuensing
Uji Laboratorium
19 November 2020

Aplikasi metode molekuler untuk mengetahui ada tidaknya asam nukleat/DNA RNA virus telah menjadi metode yang penting dalam mendeteksi virus-virus yang menginfeksi pada unggas dan mengidentifikasi subtipe dari virus tersebut. Metode molekuler yang paling banyak digunakan adalah Reverse-trancription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR), baik Real-time RT-PCR (rRT-PCR) ataupun RT-PCR konvensional. Metode ini memiliki banyak kelebihan antara lain sensitivitas dan spesifisitasnya yang tinggi, mampu mengakomodasi ukuran sampel yang kecil dan dapat mengurangi kontak dengan material yang infeksius. Kelebihan lain dari metode ini adalah hanya memerlukan jumlah sampel yang sangat sedikit. Tetapi pada hal tertentu, kegagalan RT-PCR dapat terjadi diakibatkan karena kondisi sampel yang buruk, sehingga dapat membuat kondisi DNA/RNA virus rusak dan tidak bisa diidentifikasi dengan RT-PCR. Real-time RT-PCR memiliki kelebihan dibandingkan RT-PCR konvensional yaitu hasil yang diterima lebih cepat (kurang dari 3 jam), lebih spesifik daripada RT-PCR konvensional (karena menggunakan probe), dan mengurangi potensi kontaminasi karena sampel tidak dimanipulasi setelah amplifikasi. Metode Real-time RT-PCR menyediakan informasi awal yang dapat digunakan sebagai dasar dalam menentukan tindakan yang cepat, sedangkan metode RT-PCR konvensional biasanya akan dilanjutkan dengan proses pengurutan oligonukleotida untuk melihat lebih jauh karakter virus-virus yang ada seperti hubungan kekerabatan, adanya mutasi, atau untuk menentukan patogenitas virus.

Uji sekuensing dan analisis data hasil proses sekuensing gen-gen dalam virus yang menginfeksi pada unggas sangat penting untuk dapat memprediksi dengan cepat patotipe dari virus tersebut. Analisis tersebut dilakukan terhadap pola asam amino daerah pemotongan gen yang ada. Contohnya pada virus Avian Influenza (AI), hal ini menjadi salah satu kriteria yang dipakai oleh World Health Organization (WHO) dan Office International des Epizooties (OIE) untuk menentukan penggolongan suatu virus ke dalam Low Pathogenic Avian Influenza (LPAI) atau High Pathogenic Avian Influenza (HPAI). Selain itu data hasil sekuensing juga dapat digunakan dalam analisis epidemiologi untuk identifikasi geografi dan asal-usul dari suatu spesies virus, mengetahui ada tidaknya mutasi, dan untuk menentukan hubungan genetik virus tersebut dengan virus-virus sebelumnya yang telah diketahui karakter genetiknya.

Karakterisasi gen virus perlu dilakukan untuk mengetahui susunan DNA/RNA masing-masing isolat virus sehingga dapat dilakukan analisis penentuan subtipe dan pola asam amino pada daerah pemotongan, serta untuk mengetahui klasifikasi klaster dan tingkat penyebaran dan hubungan kekerabatan virus-virus yang masih menimbulkan wabah di beberapa jenis unggas di berbagai daerah di Indonesia.

Pada kasus virus AI, menurut World Health Organization (2012) konstruksi filogenetik dilakukan atas dasar pendekatan terhadap variasi urutan oligonukleotida gen hemaglutinin H5 yang telah dipublikasikan, yang merupakan perkembangan dari virus AI H5N1 A/goose/Guangdong/1996. Virus-virus AI H5N1 yang bersirkulasi dikelompokkan menjadi klaster menurut karakteristik filogenetik dan homologi urutan oligonukleotida dari gen HA. Berdasarkan kriteria yang digunakan dalam membedakan kelompok-kelompok yang bervariasi dari gen HA H5, sistem ini mengidentifikasi 20 klaster virus AI yang berbeda. Klaster-klaster tersebut didefinisikan berdasarkan kriteria : 1) digolongkan sebuah klaster baru apabila memiliki rata-rata persentase jarak pasangan nukleotida antar spesies (average pairwise distance) lebih dari 1.5 % dari klaster yang telah ada dan terdefinisi sebelumnya, 2) hasil analisis filogenetik dan keragaman sekuen HA menunjukkan sharing common ancestral node dengan nilai bootstrap > 60 % pada nodus filogenetik yang menunjukkan klaster setelah 1000 neighbor-joining bootstrap replicates. Sejalan dengan evolusi virus AI, terdapat potensi terbentuknya klaster-klaster baru secara periodik. Apabila terdapat klaster baru yang memenuhi kriteria tersebut, maka akan didefinisikan sebagai klaster yang terpisah.

PT Sanbio Laboratories sebagai Industri yang memproduksi vaksin Avian Influenza seperti Sanavac AI, Sanavac AI Plus, Sanavac ND AI, Sanavac ND AI Plus, dan Sanavac ND G7 AI Plus memiliki concern dalam uji laboratorium untuk mendeteksi DNA virus penyebab infeksi penyakit dilapangan dengan PCR dan sekuensing. Pengujian ini sangat berperan penting dalam membantu mendiangnosa penyakit, mendeteksi, mengidentifikasi, dan memetakan penyakit.